Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,1■■□□□ 1,93
Col6a1Q04857 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC27,1■■□□□ 1,93
Col6a1Q04857 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27,09■■□□□ 1,93
Col6a1Q04857 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC27,07■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,06■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,06■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,05■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC27,05■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC27,04■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,04■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,02■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,02■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC27,02■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,01■■□□□ 1,92
Col6a1Q04857 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1,91
Col6a1Q04857 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1,91
Col6a1Q04857 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26,98■■□□□ 1,91
Col6a1Q04857 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC26,97■■□□□ 1,91
Col6a1Q04857 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC26,96■■□□□ 1,91
Col6a1Q04857 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC26,96■■□□□ 1,91
Col6a1Q04857 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26,96■■□□□ 1,91
Col6a1Q04857 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC26,94■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,93■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC26,92■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,91■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,91■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC26,91■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26,9■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC26,9■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26,89■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,89■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,89■■□□□ 1,9
Col6a1Q04857 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC26,88■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC26,88■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC26,88■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26,88■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26,88■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC26,88■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,87■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,87■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26,87■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC26,86■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,86■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,86■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC26,85■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC26,85■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,85■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,83■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,83■■□□□ 1,89
Col6a1Q04857 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC26,82■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,82■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,81■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,8■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC26,8■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC26,8■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC26,8■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,79■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC26,77■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC26,77■■□□□ 1,88
Col6a1Q04857 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC26,76■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26,76■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26,76■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC26,76■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,76■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26,76■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,75■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26,74■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,73■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,73■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC26,72■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26,71■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC26,71■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC26,71■■□□□ 1,87
Col6a1Q04857 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,7■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC26,7■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC26,7■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC26,7■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC26,7■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC26,69■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC26,68■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC26,68■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26,68■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,68■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,67■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,67■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC26,67■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26,67■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC26,66■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,66■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC26,65■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC26,65■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,64■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC26,64■■□□□ 1,86
Col6a1Q04857 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC26,63■■□□□ 1,85
Col6a1Q04857 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC26,63■■□□□ 1,85
Col6a1Q04857 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,63■■□□□ 1,85
Col6a1Q04857 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC26,63■■□□□ 1,85
Col6a1Q04857 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,62■■□□□ 1,85
Col6a1Q04857 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,62■■□□□ 1,85
Col6a1Q04857 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26,62■■□□□ 1,85
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34,6 ms