Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Mxi1-201ENSMUST00000003870 5156 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Camsap2-201ENSMUST00000048309 7823 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Crocc-201ENSMUST00000040222 6248 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Unc13a-208ENSMUST00000177517 5654 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Mdfic-202ENSMUST00000120512 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Arih1-207ENSMUST00000171975 6971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Pcgf3-202ENSMUST00000112597 2169 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Crocc-211ENSMUST00000168157 6244 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Notch4-201ENSMUST00000015612 6591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Aldh7a1-206ENSMUST00000172734 1880 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gm15723-201ENSMUST00000139331 600 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Adrb3-202ENSMUST00000117565 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Naa50-202ENSMUST00000063542 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Rusc2-202ENSMUST00000098106 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Dtnb-225ENSMUST00000174663 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Nkx3-1P97436 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Gm26694-201ENSMUST00000180868 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Ctla2a-201ENSMUST00000021880 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 B3gat2-202ENSMUST00000140583 1737 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Nkx3-1P97436 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms