Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
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