Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Ldb1-201ENSMUST00000026252 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Gm42882-201ENSMUST00000201788 506 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Tpsb2-201ENSMUST00000069616 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Nkx3-1P97436 Uhmk1-202ENSMUST00000123399 7775 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Rfx7-201ENSMUST00000093820 7988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tcp1-201ENSMUST00000089024 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Klhdc9-201ENSMUST00000061878 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tpm1-204ENSMUST00000113684 887 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gm20635-201ENSMUST00000176473 1287 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Ahsa2-201ENSMUST00000020529 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Kcnd3-202ENSMUST00000098761 7169 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Prpf19-201ENSMUST00000025642 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Zfp783-201ENSMUST00000095946 670 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Zmynd10-201ENSMUST00000010188 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 2210408F21Rik-213ENSMUST00000153057 652 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Gm20472-201ENSMUST00000174403 1240 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tmem192-201ENSMUST00000026595 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Crebbp-201ENSMUST00000023165 10820 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Jade1-202ENSMUST00000163764 5584 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Lin7a-203ENSMUST00000218031 1769 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Nkx3-1P97436 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22 ms