Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms