Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms