Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP3Q7Z494 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms