Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc39Q9D5Y1 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc39Q9D5Y1 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc39Q9D5Y1 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc39Q9D5Y1 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc39Q9D5Y1 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Ccdc39Q9D5Y1 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Ccdc39Q9D5Y1 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc39Q9D5Y1 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc39Q9D5Y1 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc39Q9D5Y1 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc39Q9D5Y1 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc39Q9D5Y1 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc39Q9D5Y1 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc39Q9D5Y1 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc39Q9D5Y1 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.5 ms