Protein–RNA interactions for Protein: Q5SNZ0

Ccdc88a, Girdin, mousemouse

Predictions only

Length 1,873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88aQ5SNZ0 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88aQ5SNZ0 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88aQ5SNZ0 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc88aQ5SNZ0 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88aQ5SNZ0 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc88aQ5SNZ0 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc88aQ5SNZ0 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc88aQ5SNZ0 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88aQ5SNZ0 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88aQ5SNZ0 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88aQ5SNZ0 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88aQ5SNZ0 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88aQ5SNZ0 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Ccdc88aQ5SNZ0 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88aQ5SNZ0 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88aQ5SNZ0 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
Ccdc88aQ5SNZ0 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms