Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col8a1Q00780 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col8a1Q00780 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col8a1Q00780 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col8a1Q00780 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Col8a1Q00780 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Col8a1Q00780 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col8a1Q00780 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Col8a1Q00780 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col8a1Q00780 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col8a1Q00780 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col8a1Q00780 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col8a1Q00780 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms