Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Traf1P39428 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Traf1P39428 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Traf1P39428 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Traf1P39428 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Traf1P39428 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Traf1P39428 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Traf1P39428 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Traf1P39428 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Traf1P39428 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Traf1P39428 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Traf1P39428 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Traf1P39428 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Traf1P39428 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Traf1P39428 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Traf1P39428 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Traf1P39428 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Traf1P39428 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Traf1P39428 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Traf1P39428 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Traf1P39428 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Traf1P39428 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Traf1P39428 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Traf1P39428 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Traf1P39428 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Traf1P39428 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Traf1P39428 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Traf1P39428 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Traf1P39428 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Traf1P39428 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Traf1P39428 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Traf1P39428 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Traf1P39428 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Traf1P39428 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Traf1P39428 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Traf1P39428 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Traf1P39428 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16 ms