Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC87Q9NVE4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms