Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms