Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Nkx3-1P97436 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Nkx3-1P97436 Mcrip2-201ENSMUST00000026828 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Nkx3-1P97436 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Nkx3-1P97436 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Nkx3-1P97436 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Rusc2-201ENSMUST00000035645 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Pllp-201ENSMUST00000034227 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Tfg-202ENSMUST00000121554 716 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm29458-201ENSMUST00000187093 354 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Rpl38-202ENSMUST00000082092 345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Iglon5-201ENSMUST00000107974 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 1700095J03Rik-201ENSMUST00000143715 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Olfr1411-201ENSMUST00000073748 972 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cdc14b-201ENSMUST00000039318 5859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Rock2-201ENSMUST00000020904 7644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Atp8b2-202ENSMUST00000107396 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Klhl32-201ENSMUST00000084781 2287 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Ttc32-202ENSMUST00000219470 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Cradd-205ENSMUST00000220279 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Stmn1-201ENSMUST00000030636 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Map4k4-201ENSMUST00000163854 5782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Nkx3-1P97436 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Nkx3-1P97436 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Nkx3-1P97436 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Nkx3-1P97436 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.7 ms