Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
ATG4BQ9Y4P1 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms