Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms