Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms