Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms