Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc39Q9D5Y1 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC30.2■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
Ccdc39Q9D5Y1 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc39Q9D5Y1 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc39Q9D5Y1 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
Ccdc39Q9D5Y1 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
Ccdc39Q9D5Y1 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Ccdc39Q9D5Y1 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc39Q9D5Y1 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Ccdc39Q9D5Y1 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc39Q9D5Y1 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.36
Ccdc39Q9D5Y1 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc39Q9D5Y1 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc39Q9D5Y1 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc39Q9D5Y1 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc39Q9D5Y1 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc39Q9D5Y1 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc39Q9D5Y1 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc39Q9D5Y1 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.3 ms