Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Use1Q9CQ56 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Use1Q9CQ56 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Use1Q9CQ56 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Use1Q9CQ56 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Use1Q9CQ56 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Use1Q9CQ56 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Use1Q9CQ56 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Use1Q9CQ56 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
Use1Q9CQ56 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Use1Q9CQ56 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Use1Q9CQ56 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Use1Q9CQ56 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Use1Q9CQ56 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Use1Q9CQ56 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Use1Q9CQ56 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.8 ms