Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col28a1Q2UY11 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Col28a1Q2UY11 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col28a1Q2UY11 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
Col28a1Q2UY11 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col28a1Q2UY11 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col28a1Q2UY11 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col28a1Q2UY11 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Col28a1Q2UY11 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col28a1Q2UY11 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col28a1Q2UY11 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col28a1Q2UY11 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col28a1Q2UY11 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col28a1Q2UY11 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Col28a1Q2UY11 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col28a1Q2UY11 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col28a1Q2UY11 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col28a1Q2UY11 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col28a1Q2UY11 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Col28a1Q2UY11 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col28a1Q2UY11 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Col28a1Q2UY11 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col28a1Q2UY11 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col28a1Q2UY11 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.43
Col28a1Q2UY11 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Col28a1Q2UY11 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms