Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,13■■■■■ 4,33
Col17a1Q07563 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC42,11■■■■■ 4,33
Col17a1Q07563 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC42,1■■■■■ 4,33
Col17a1Q07563 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,08■■■■■ 4,33
Col17a1Q07563 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC42,06■■■■■ 4,32
Col17a1Q07563 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42,06■■■■■ 4,32
Col17a1Q07563 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC42,05■■■■■ 4,32
Col17a1Q07563 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42,04■■■■■ 4,32
Col17a1Q07563 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,99■■■■■ 4,31
Col17a1Q07563 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,97■■■■■ 4,31
Col17a1Q07563 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,97■■■■■ 4,31
Col17a1Q07563 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,96■■■■■ 4,31
Col17a1Q07563 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,96■■■■■ 4,31
Col17a1Q07563 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC41,95■■■■■ 4,31
Col17a1Q07563 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC41,93■■■■■ 4,3
Col17a1Q07563 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC41,93■■■■■ 4,3
Col17a1Q07563 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,9■■■■■ 4,3
Col17a1Q07563 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC41,9■■■■■ 4,3
Col17a1Q07563 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41,9■■■■■ 4,3
Col17a1Q07563 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,88■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,87■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,87■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,87■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41,86■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC41,86■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC41,86■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,84■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC41,84■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,83■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,82■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41,82■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC41,82■■■■■ 4,29
Col17a1Q07563 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,8■■■■■ 4,28
Col17a1Q07563 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC41,79■■■■■ 4,28
Col17a1Q07563 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC41,79■■■■■ 4,28
Col17a1Q07563 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,78■■■■■ 4,28
Col17a1Q07563 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC41,77■■■■■ 4,28
Col17a1Q07563 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC41,71■■■■■ 4,27
Col17a1Q07563 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,71■■■■■ 4,27
Col17a1Q07563 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41,67■■■■■ 4,26
Col17a1Q07563 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC41,67■■■■■ 4,26
Col17a1Q07563 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,67■■■■■ 4,26
Col17a1Q07563 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC41,66■■■■■ 4,26
Col17a1Q07563 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,61■■■■■ 4,25
Col17a1Q07563 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41,61■■■■■ 4,25
Col17a1Q07563 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC41,59■■■■■ 4,25
Col17a1Q07563 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC41,57■■■■■ 4,25
Col17a1Q07563 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,55■■■■■ 4,24
Col17a1Q07563 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41,55■■■■■ 4,24
Col17a1Q07563 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC41,55■■■■■ 4,24
Col17a1Q07563 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,54■■■■■ 4,24
Col17a1Q07563 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41,53■■■■■ 4,24
Col17a1Q07563 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41,51■■■■■ 4,23
Col17a1Q07563 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC41,5■■■■■ 4,23
Col17a1Q07563 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC41,5■■■■■ 4,23
Col17a1Q07563 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC41,5■■■■■ 4,23
Col17a1Q07563 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41,46■■■■■ 4,23
Col17a1Q07563 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41,46■■■■■ 4,23
Col17a1Q07563 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41,46■■■■■ 4,23
Col17a1Q07563 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,43■■■■■ 4,22
Col17a1Q07563 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC41,42■■■■■ 4,22
Col17a1Q07563 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,42■■■■■ 4,22
Col17a1Q07563 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,41■■■■■ 4,22
Col17a1Q07563 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC41,41■■■■■ 4,22
Col17a1Q07563 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41,39■■■■■ 4,22
Col17a1Q07563 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC41,38■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,38■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC41,37■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41,36■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC41,36■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41,35■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC41,34■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC41,34■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,34■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC41,33■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,33■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC41,33■■■■■ 4,21
Col17a1Q07563 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC41,31■■■■■ 4,2
Col17a1Q07563 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,31■■■■■ 4,2
Col17a1Q07563 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41,29■■■■■ 4,2
Col17a1Q07563 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC41,27■■■■■ 4,2
Col17a1Q07563 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC41,27■■■■■ 4,2
Col17a1Q07563 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,2■■■■■ 4,19
Col17a1Q07563 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,19■■■■■ 4,18
Col17a1Q07563 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,17■■■■■ 4,18
Col17a1Q07563 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41,14■■■■■ 4,18
Col17a1Q07563 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,14■■■■■ 4,18
Col17a1Q07563 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC41,09■■■■■ 4,17
Col17a1Q07563 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC41,09■■■■■ 4,17
Col17a1Q07563 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC41,09■■■■■ 4,17
Col17a1Q07563 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,09■■■■■ 4,17
Col17a1Q07563 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC41,09■■■■■ 4,17
Col17a1Q07563 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41,08■■■■■ 4,17
Col17a1Q07563 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC41,07■■■■■ 4,16
Col17a1Q07563 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC41,07■■■■■ 4,16
Col17a1Q07563 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,06■■■■■ 4,16
Col17a1Q07563 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,05■■■■■ 4,16
Col17a1Q07563 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC41,04■■■■■ 4,16
Col17a1Q07563 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC41,04■■■■■ 4,16
Col17a1Q07563 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41,02■■■■■ 4,16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9,9 ms