Protein–RNA interactions for Protein: P97952

Scn1b, Sodium channel subunit beta-1, mousemouse

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn1bP97952 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Scn1bP97952 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Scn1bP97952 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Scn1bP97952 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Scn1bP97952 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Scn1bP97952 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Scn1bP97952 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Scn1bP97952 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Scn1bP97952 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Scn1bP97952 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Scn1bP97952 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Scn1bP97952 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Scn1bP97952 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
Scn1bP97952 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Scn1bP97952 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Scn1bP97952 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Scn1bP97952 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Scn1bP97952 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.6 ms