Protein–RNA interactions for Protein: P11087

Col1a1, Collagen alpha-1(I) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,453 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col1a1P11087 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col1a1P11087 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Ccnd2-202ENSMUST00000201066 983 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Ttc32-202ENSMUST00000219470 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Rpl36al-202ENSMUST00000110619 1276 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Gm18666-201ENSMUST00000190039 958 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Gm20390-201ENSMUST00000170303 991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Creb1-207ENSMUST00000187811 1255 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 AC061963.1-203ENSMUST00000213473 453 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col1a1P11087 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.2 ms