Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms