Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Mfap4-201ENSMUST00000040522 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Fam102b-202ENSMUST00000171143 5702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Mapkapk2-201ENSMUST00000016672 2854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Bin1-201ENSMUST00000025239 2451 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Mgll-205ENSMUST00000150180 1312 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gm12527-201ENSMUST00000117967 564 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Ndufaf1-201ENSMUST00000028768 1451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Mrps33-201ENSMUST00000031978 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Rab34-209ENSMUST00000207728 567 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col6a1Q04857 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Cdc20-201ENSMUST00000006565 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.4 ms