Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Mprip-203ENSMUST00000108751 4021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Pgs1-203ENSMUST00000132676 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 4930452B06Rik-201ENSMUST00000102996 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
Rnf40Q3U319 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 5330438D12Rik-201ENSMUST00000064101 2229 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Wnk2-201ENSMUST00000035538 6630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Zfp821-206ENSMUST00000212964 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Nbn-201ENSMUST00000029879 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Zfp706-201ENSMUST00000078976 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Slc17a7-202ENSMUST00000209634 1860 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Ttc19-201ENSMUST00000050646 3410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Wnk2-202ENSMUST00000049265 6738 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Faxc-201ENSMUST00000029908 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Cetn4-205ENSMUST00000140956 2981 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Pigw-201ENSMUST00000067058 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 80.4 ms