Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Sf3b1Q99NB9 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Sf3b1Q99NB9 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Sf3b1Q99NB9 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Sf3b1Q99NB9 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Sf3b1Q99NB9 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Sf3b1Q99NB9 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Sf3b1Q99NB9 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Sf3b1Q99NB9 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Sf3b1Q99NB9 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Sf3b1Q99NB9 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Sf3b1Q99NB9 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Sf3b1Q99NB9 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Sf3b1Q99NB9 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Sf3b1Q99NB9 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Sf3b1Q99NB9 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Sf3b1Q99NB9 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Sf3b1Q99NB9 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Sf3b1Q99NB9 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Sf3b1Q99NB9 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Sf3b1Q99NB9 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Sf3b1Q99NB9 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Sf3b1Q99NB9 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Sf3b1Q99NB9 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Sf3b1Q99NB9 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Sf3b1Q99NB9 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Sf3b1Q99NB9 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Sf3b1Q99NB9 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Sf3b1Q99NB9 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Sf3b1Q99NB9 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
Sf3b1Q99NB9 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Sf3b1Q99NB9 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Sf3b1Q99NB9 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Sf3b1Q99NB9 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Sf3b1Q99NB9 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Sf3b1Q99NB9 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Sf3b1Q99NB9 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Sf3b1Q99NB9 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Sf3b1Q99NB9 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
Sf3b1Q99NB9 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
Sf3b1Q99NB9 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Sf3b1Q99NB9 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Sf3b1Q99NB9 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Sf3b1Q99NB9 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Sf3b1Q99NB9 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Sf3b1Q99NB9 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Sf3b1Q99NB9 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Sf3b1Q99NB9 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Sf3b1Q99NB9 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC27.56■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC27.53■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Sf3b1Q99NB9 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Sf3b1Q99NB9 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Sf3b1Q99NB9 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Sf3b1Q99NB9 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Sf3b1Q99NB9 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
Sf3b1Q99NB9 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
Sf3b1Q99NB9 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
Sf3b1Q99NB9 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
Sf3b1Q99NB9 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Sf3b1Q99NB9 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Sf3b1Q99NB9 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Sf3b1Q99NB9 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Sf3b1Q99NB9 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Sf3b1Q99NB9 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
Sf3b1Q99NB9 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Sf3b1Q99NB9 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.3 ms