Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Kcnq5-205ENSMUST00000173058 2472 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Ptpn12-201ENSMUST00000030556 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Col6a1Q04857 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.7 ms