Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VIMP08670 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VIMP08670 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VIMP08670 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
VIMP08670 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
VIMP08670 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VIMP08670 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VIMP08670 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VIMP08670 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VIMP08670 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VIMP08670 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VIMP08670 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VIMP08670 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VIMP08670 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VIMP08670 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VIMP08670 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VIMP08670 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VIMP08670 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VIMP08670 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VIMP08670 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VIMP08670 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VIMP08670 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VIMP08670 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VIMP08670 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VIMP08670 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VIMP08670 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VIMP08670 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VIMP08670 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VIMP08670 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VIMP08670 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VIMP08670 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms