Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Ifi27-203ENSMUST00000076788 708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Olfr130-201ENSMUST00000087129 954 ntAPPRIS P1 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Boll-201ENSMUST00000087585 882 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 H2afv-201ENSMUST00000093346 519 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Olfr1039-201ENSMUST00000099910 960 ntAPPRIS P1 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Zfp108-202ENSMUST00000205982 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Luc7l-201ENSMUST00000025023 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Pcdhgb4-202ENSMUST00000195363 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Oxct1-201ENSMUST00000110690 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Trmt2a-207ENSMUST00000140206 3520 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Zcwpw1-201ENSMUST00000035852 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Krt75-201ENSMUST00000042957 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Cyp4f39-201ENSMUST00000003413 1599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Tmem19-201ENSMUST00000092170 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Flvcr2-201ENSMUST00000040461 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Exoc4-203ENSMUST00000115080 2369 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
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Rnf40Q3U319 Csnk1g1-202ENSMUST00000117849 5173 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Ncstn-201ENSMUST00000003550 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Chd7-206ENSMUST00000170391 3462 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Sgk2-201ENSMUST00000018012 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
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Rnf40Q3U319 Ldb3-204ENSMUST00000064098 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
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Rnf40Q3U319 Gm13398-201ENSMUST00000149378 2837 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 BC034090-201ENSMUST00000035914 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Uba1-201ENSMUST00000001989 4071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Tmem109-201ENSMUST00000038128 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
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Rnf40Q3U319 Cldn18-202ENSMUST00000112882 1750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Oscar-203ENSMUST00000148012 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Zfp93-201ENSMUST00000032696 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Kcnn3-201ENSMUST00000000811 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Cntn4-203ENSMUST00000113258 2464 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
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Rnf40Q3U319 Sel1l-204ENSMUST00000167466 5544 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Brat1-201ENSMUST00000041588 3333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
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Rnf40Q3U319 Ccnb2-201ENSMUST00000034742 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Rin1-201ENSMUST00000025818 4184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gtf3c1-201ENSMUST00000055506 6961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Nrip3-201ENSMUST00000033331 3910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
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Rnf40Q3U319 Pknox1-206ENSMUST00000176701 4232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Sema5b-201ENSMUST00000050625 4350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mdh1-201ENSMUST00000102874 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
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Rnf40Q3U319 Gm10747-201ENSMUST00000217799 1014 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
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Rnf40Q3U319 Snx31-203ENSMUST00000161202 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Tmod2-201ENSMUST00000064433 9884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm2694-202ENSMUST00000180806 1452 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Kcne2-202ENSMUST00000113971 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Dld-201ENSMUST00000110857 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ptpn11-201ENSMUST00000054547 5535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
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Rnf40Q3U319 Dhx34-201ENSMUST00000094816 4073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Uspl1-201ENSMUST00000050472 3757 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Vwa1-201ENSMUST00000042196 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Dclk3-201ENSMUST00000111879 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pcgf3-201ENSMUST00000046975 7708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Flot2-202ENSMUST00000073660 2568 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Lin52-201ENSMUST00000137170 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 2810006K23Rik-201ENSMUST00000077376 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Kir3dl1-202ENSMUST00000113105 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Bcl11a-204ENSMUST00000118955 1505 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 6030442K20Rik-201ENSMUST00000180835 1540 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Trnt1-203ENSMUST00000113248 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Lpar5-201ENSMUST00000088292 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Nin-201ENSMUST00000021468 6708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Sorbs3-201ENSMUST00000022682 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm44826-201ENSMUST00000207648 2332 ntBASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gdap2-202ENSMUST00000106997 2014 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Fank1-201ENSMUST00000065359 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Egr2-201ENSMUST00000048289 2965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Dnpep-202ENSMUST00000113605 1571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Abi2-207ENSMUST00000188618 4723 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
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