Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Flvcr1-202ENSMUST00000191946 1216 ntBASIC34.32■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC34.3■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC34.29■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Kiss1-204ENSMUST00000194044 583 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Kiss1-205ENSMUST00000195286 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC34.28■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC34.28■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC34.27■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43017-201ENSMUST00000198296 752 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo2-201ENSMUST00000047951 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Rasl10b-201ENSMUST00000021022 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC34.2■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC34.19■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.17■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gon7-201ENSMUST00000173969 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Ccdc88bQ4QRL3 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Prpsap2-201ENSMUST00000004955 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18284-201ENSMUST00000172604 624 ntBASIC34.12■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ypel1-202ENSMUST00000090199 631 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.1■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 C2cd4a-201ENSMUST00000054500 1395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC34.09■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.8 ms