Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
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