Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ddx28Q9CWT6 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ddx28Q9CWT6 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ddx28Q9CWT6 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ddx28Q9CWT6 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ddx28Q9CWT6 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ddx28Q9CWT6 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ddx28Q9CWT6 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ddx28Q9CWT6 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ddx28Q9CWT6 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ddx28Q9CWT6 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ddx28Q9CWT6 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ddx28Q9CWT6 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
Ddx28Q9CWT6 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ddx28Q9CWT6 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ddx28Q9CWT6 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ddx28Q9CWT6 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ddx28Q9CWT6 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Ddx28Q9CWT6 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
Ddx28Q9CWT6 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ddx28Q9CWT6 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ddx28Q9CWT6 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ddx28Q9CWT6 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ddx28Q9CWT6 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ddx28Q9CWT6 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ddx28Q9CWT6 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ddx28Q9CWT6 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ddx28Q9CWT6 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ddx28Q9CWT6 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ddx28Q9CWT6 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ddx28Q9CWT6 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ddx28Q9CWT6 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ddx28Q9CWT6 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
Ddx28Q9CWT6 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ddx28Q9CWT6 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ddx28Q9CWT6 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ddx28Q9CWT6 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Ddx28Q9CWT6 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ddx28Q9CWT6 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ddx28Q9CWT6 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ddx28Q9CWT6 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Ddx28Q9CWT6 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Ddx28Q9CWT6 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
Ddx28Q9CWT6 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ddx28Q9CWT6 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Ddx28Q9CWT6 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Ddx28Q9CWT6 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Ddx28Q9CWT6 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ddx28Q9CWT6 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
Ddx28Q9CWT6 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ddx28Q9CWT6 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx28Q9CWT6 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ddx28Q9CWT6 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ddx28Q9CWT6 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddx28Q9CWT6 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddx28Q9CWT6 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddx28Q9CWT6 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddx28Q9CWT6 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddx28Q9CWT6 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddx28Q9CWT6 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddx28Q9CWT6 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ddx28Q9CWT6 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
Ddx28Q9CWT6 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ddx28Q9CWT6 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ddx28Q9CWT6 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ddx28Q9CWT6 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ddx28Q9CWT6 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ddx28Q9CWT6 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ddx28Q9CWT6 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ddx28Q9CWT6 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ddx28Q9CWT6 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx28Q9CWT6 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx28Q9CWT6 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx28Q9CWT6 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ddx28Q9CWT6 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx28Q9CWT6 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ddx28Q9CWT6 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ddx28Q9CWT6 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx28Q9CWT6 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ddx28Q9CWT6 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ddx28Q9CWT6 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10 ms