Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
ShhQ62226 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
ShhQ62226 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
ShhQ62226 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
ShhQ62226 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
ShhQ62226 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
ShhQ62226 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
ShhQ62226 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
ShhQ62226 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
ShhQ62226 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
ShhQ62226 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
ShhQ62226 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
ShhQ62226 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
ShhQ62226 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
ShhQ62226 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
ShhQ62226 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
ShhQ62226 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ShhQ62226 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ShhQ62226 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ShhQ62226 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ShhQ62226 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
ShhQ62226 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
ShhQ62226 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ShhQ62226 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ShhQ62226 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
ShhQ62226 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
ShhQ62226 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
ShhQ62226 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
ShhQ62226 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ShhQ62226 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ShhQ62226 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
ShhQ62226 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
ShhQ62226 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
ShhQ62226 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
ShhQ62226 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
ShhQ62226 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
ShhQ62226 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
ShhQ62226 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ShhQ62226 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ShhQ62226 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ShhQ62226 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ShhQ62226 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ShhQ62226 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ShhQ62226 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ShhQ62226 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
ShhQ62226 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
ShhQ62226 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
ShhQ62226 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
ShhQ62226 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
ShhQ62226 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
ShhQ62226 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ShhQ62226 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
ShhQ62226 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
ShhQ62226 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ShhQ62226 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ShhQ62226 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ShhQ62226 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
ShhQ62226 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ShhQ62226 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ShhQ62226 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ShhQ62226 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
ShhQ62226 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ShhQ62226 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ShhQ62226 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
ShhQ62226 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ShhQ62226 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
ShhQ62226 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
ShhQ62226 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
ShhQ62226 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ShhQ62226 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
ShhQ62226 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ShhQ62226 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ShhQ62226 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ShhQ62226 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ShhQ62226 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
ShhQ62226 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
ShhQ62226 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
ShhQ62226 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
ShhQ62226 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
ShhQ62226 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ShhQ62226 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ShhQ62226 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ShhQ62226 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
ShhQ62226 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
ShhQ62226 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
ShhQ62226 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ShhQ62226 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ShhQ62226 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ShhQ62226 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ShhQ62226 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ShhQ62226 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ShhQ62226 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ShhQ62226 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.6 ms