Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Rnf214-205ENSMUST00000160699 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Col8a2-201ENSMUST00000070132 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Runx2-213ENSMUST00000162878 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Fbxw9-201ENSMUST00000095220 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Erg-206ENSMUST00000122199 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Tars2-202ENSMUST00000074339 2313 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 0610009O20Rik-201ENSMUST00000025314 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Slk-201ENSMUST00000026043 7278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Slc38a7-204ENSMUST00000212270 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Grm6-204ENSMUST00000171427 4330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm28496-202ENSMUST00000137742 2752 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 2610507I01Rik-201ENSMUST00000154354 1360 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Adamtsl1-204ENSMUST00000120678 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 D930030I03Rik-201ENSMUST00000180735 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Plin1-203ENSMUST00000205413 1294 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 AC159263.1-201ENSMUST00000220746 482 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Trem3-201ENSMUST00000048065 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 1700029I15Rik-201ENSMUST00000054316 364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Rnf4-204ENSMUST00000182047 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Mafk-201ENSMUST00000018287 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Pdxk-ps-201ENSMUST00000159650 2342 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Cacna1b-201ENSMUST00000041342 6984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Ap2a1-204ENSMUST00000167930 3376 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Wscd2-201ENSMUST00000094452 4302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Pigq-209ENSMUST00000140304 1835 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Tulp2-201ENSMUST00000024233 1749 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Pramel1-201ENSMUST00000037419 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Zfp169-203ENSMUST00000176176 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Usp38-201ENSMUST00000042724 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Fam84b-201ENSMUST00000100635 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Trim59-201ENSMUST00000107802 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Osgepl1-201ENSMUST00000027265 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Ctsa-203ENSMUST00000103093 2534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Nfxl1-202ENSMUST00000087216 3712 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Txndc11-203ENSMUST00000118679 3523 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Tfe3-211ENSMUST00000137467 3390 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Tmcc1-205ENSMUST00000173031 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Anapc16-205ENSMUST00000182912 566 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm9004-201ENSMUST00000218739 1222 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 AC122371.3-201ENSMUST00000223402 1061 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 AC132317.1-201ENSMUST00000227227 962 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Tnnt3-201ENSMUST00000074187 1007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm28590-201ENSMUST00000185679 1609 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Noto-201ENSMUST00000089578 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Ciz1-203ENSMUST00000113332 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Desi1-206ENSMUST00000152227 2934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Jade2-201ENSMUST00000020655 6273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Mirg-202ENSMUST00000181543 1300 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Yipf1-201ENSMUST00000075693 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Ush1g-201ENSMUST00000103037 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Cnppd1-201ENSMUST00000041213 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm10710-201ENSMUST00000047876 3971 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Fbxl19-202ENSMUST00000186116 3641 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Zfp57-211ENSMUST00000174524 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Snx10-201ENSMUST00000049152 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm15479-201ENSMUST00000139309 1133 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Hnf4aos-203ENSMUST00000141329 839 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Snhg17-206ENSMUST00000152125 1046 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm18916-201ENSMUST00000198264 1246 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Fam168a-206ENSMUST00000208013 1129 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Mettl6-204ENSMUST00000227595 1027 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Sirt4-201ENSMUST00000112066 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Them4-201ENSMUST00000049822 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Matn2-206ENSMUST00000228570 2798 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Pigg-202ENSMUST00000118910 3030 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Fetub-203ENSMUST00000167399 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm45332-201ENSMUST00000210508 1949 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Ubqln2-201ENSMUST00000060714 3344 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Pianp-207ENSMUST00000162170 2053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Pacs2-201ENSMUST00000084891 5480 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Tle3-218ENSMUST00000178113 5205 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Sez6-202ENSMUST00000093995 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Tshr-201ENSMUST00000021343 1339 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Nup98-206ENSMUST00000211235 3748 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Hhatl-202ENSMUST00000163981 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Rnf180-201ENSMUST00000069686 1728 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Cdcp1-201ENSMUST00000039229 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Kcnd3-201ENSMUST00000079169 2102 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Xpo1-202ENSMUST00000102869 6004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Nop53-201ENSMUST00000044158 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Rbak-201ENSMUST00000049861 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Bag6-201ENSMUST00000025250 3858 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm14371-201ENSMUST00000138925 1518 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Nup93-201ENSMUST00000079961 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Csnk1d-201ENSMUST00000018274 3675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm5989-201ENSMUST00000096092 2077 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gopc-201ENSMUST00000020008 4216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm25214-201ENSMUST00000104573 129 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Gm16251-201ENSMUST00000162649 338 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Cdk3-ps-202ENSMUST00000174177 915 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 AC093022.1-201ENSMUST00000226949 1072 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Asb9-201ENSMUST00000033756 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Ulk1-211ENSMUST00000200299 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Cds2-202ENSMUST00000103181 8396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Pisd-202ENSMUST00000071829 1986 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Thumpd1-201ENSMUST00000033236 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col3a1P08121 Fbxl5-211ENSMUST00000196483 2814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.8 ms