Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Jtb-202ENSMUST00000119304 878 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Gm16253-201ENSMUST00000148290 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Igfbp7-202ENSMUST00000163898 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Gm18284-201ENSMUST00000172604 624 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Rasl10b-201ENSMUST00000021022 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col6a1Q04857 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Mmadhc-201ENSMUST00000102769 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Ttc36-201ENSMUST00000044694 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 9530036O11Rik-201ENSMUST00000180878 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col6a1Q04857 Tusc3-201ENSMUST00000167992 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Col6a1Q04857 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Col6a1Q04857 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a1Q04857 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a1Q04857 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a1Q04857 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a1Q04857 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 129.3 ms