Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 4930539J05Rik-202ENSMUST00000182865 511 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.54
Col8a1Q00780 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Rasl10b-201ENSMUST00000021022 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Ypel1-202ENSMUST00000090199 631 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Rps2-ps10-202ENSMUST00000170335 965 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Gm18284-201ENSMUST00000172604 624 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Mmadhc-201ENSMUST00000102769 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col8a1Q00780 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col8a1Q00780 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.9 ms