Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Phc2-202ENSMUST00000106079 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Cdk13-201ENSMUST00000042365 5202 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Ltk-202ENSMUST00000082130 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.42
Sdc1P18828 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.7 ms