Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Eif4enif1-213ENSMUST00000179770 3676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Irf7-203ENSMUST00000106023 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Adamts20-204ENSMUST00000155907 6886 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 AC140354.1-201ENSMUST00000219499 2425 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 AI464131-201ENSMUST00000054920 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Col9a3-201ENSMUST00000103059 2846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Dnpep-203ENSMUST00000185419 2833 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Aqr-201ENSMUST00000043160 4888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Atg16l1-202ENSMUST00000113186 3004 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Mb21d1-201ENSMUST00000034898 3231 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Zbtb1-201ENSMUST00000042779 12190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Ero1lb-202ENSMUST00000220811 3341 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Hps3-202ENSMUST00000108321 3385 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Pfn2-203ENSMUST00000120289 905 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Bnipl-204ENSMUST00000137250 1251 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Klrg2-202ENSMUST00000201345 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm38554-201ENSMUST00000201639 708 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Eef1akmt2-201ENSMUST00000033257 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Lce3b-201ENSMUST00000046234 562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gpr146-202ENSMUST00000053120 1040 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Tst-201ENSMUST00000058659 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Dhx30-201ENSMUST00000062368 3806 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm10073-201ENSMUST00000073722 496 ntAPPRIS P1 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Rplp1-201ENSMUST00000008036 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Mef2b-205ENSMUST00000163756 1337 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Clmp-201ENSMUST00000034522 4154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm16845-201ENSMUST00000180419 1415 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Ankrd6-202ENSMUST00000084748 4354 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Hdac10-202ENSMUST00000109347 1824 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Samhd1-202ENSMUST00000088523 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Pxn-213ENSMUST00000202564 2126 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Dysf-213ENSMUST00000203803 6590 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Pigh-201ENSMUST00000072154 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Palm-201ENSMUST00000046945 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm42416-201ENSMUST00000115661 2856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 BC048403-202ENSMUST00000136432 2968 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Pam-202ENSMUST00000097625 4102 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Pcdhac1-201ENSMUST00000007584 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Ahdc1-201ENSMUST00000044521 6105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Pfkl-201ENSMUST00000020522 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Csnk1a1-202ENSMUST00000163205 3204 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Rinl-201ENSMUST00000059857 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Mapk8-201ENSMUST00000022504 2587 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Slc5a11-201ENSMUST00000033035 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Dhrs3-206ENSMUST00000154208 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Mindy3-201ENSMUST00000028105 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Arid5a-201ENSMUST00000097778 2270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm2420-202ENSMUST00000202224 2249 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Tspan5-202ENSMUST00000119993 2107 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Sec61a2-209ENSMUST00000193792 2110 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 AI467606-201ENSMUST00000056288 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 A530072M11Rik-201ENSMUST00000151122 1852 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Prkg1-206ENSMUST00000182685 1628 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Commd10-201ENSMUST00000049388 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Spryd4-201ENSMUST00000061995 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Fuz-213ENSMUST00000209039 1453 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Fbxl12-203ENSMUST00000131128 4182 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Cnn2-202ENSMUST00000105374 926 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Tpm3-203ENSMUST00000119158 1090 ntTSL 3 BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm16163-201ENSMUST00000161868 1119 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
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Ddx28Q9CWT6 Nek8-201ENSMUST00000017549 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Tle3-210ENSMUST00000161207 2592 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Wsb1-201ENSMUST00000017821 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
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Ddx28Q9CWT6 Adgrv1-205ENSMUST00000126444 3823 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Cyp20a1-201ENSMUST00000060608 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
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Ddx28Q9CWT6 Prrt3-203ENSMUST00000204268 3741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Slc25a47-201ENSMUST00000057026 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Sp6-202ENSMUST00000107622 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Sem1-201ENSMUST00000041111 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Cd163l1-204ENSMUST00000209637 3210 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Troap-201ENSMUST00000039665 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 9130024F11Rik-201ENSMUST00000135238 1300 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Tars2-204ENSMUST00000163530 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Rab3d-201ENSMUST00000115351 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Ercc8-202ENSMUST00000120672 1144 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm11543-201ENSMUST00000120758 370 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Trmt1-205ENSMUST00000125370 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm16151-201ENSMUST00000129696 639 ntTSL 3 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Iqsec3-203ENSMUST00000151397 8067 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm25911-201ENSMUST00000157621 56 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm18737-201ENSMUST00000173594 937 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Mir124-2hg-206ENSMUST00000189754 525 ntTSL 3 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Mlnr-ps-201ENSMUST00000208959 969 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 AC121788.1-202ENSMUST00000218801 871 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 AC131187.1-201ENSMUST00000224567 809 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Guca2b-201ENSMUST00000044426 605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 C1qa-201ENSMUST00000046285 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 2410002F23Rik-203ENSMUST00000084937 2092 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Zbtb7b-203ENSMUST00000107433 3650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Wdr13-205ENSMUST00000130832 4374 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Zeb2-202ENSMUST00000068415 5624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Ddx28Q9CWT6 Gps1-208ENSMUST00000208737 1843 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.4 ms