Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.8 ms