Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 AC115735.4-201ENSMUST00000227460 1944 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Vopp1-202ENSMUST00000127485 2908 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Mapk7-202ENSMUST00000101085 3254 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Jaml-204ENSMUST00000215880 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Gpr137c-201ENSMUST00000146150 3917 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Rogdi-201ENSMUST00000023191 1431 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Efs-201ENSMUST00000022813 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Zdhhc7-201ENSMUST00000034280 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Trim32-201ENSMUST00000050850 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Upf3bQ3ULL6 Col9a2-201ENSMUST00000030372 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Sipa1-203ENSMUST00000164304 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Trp53bp2-201ENSMUST00000117245 4361 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Ffar2-202ENSMUST00000163504 1913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm38102-201ENSMUST00000192791 1935 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Cryba4-202ENSMUST00000112383 754 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Hagh-202ENSMUST00000118788 1191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 2210408F21Rik-214ENSMUST00000155345 1022 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Sema6b-202ENSMUST00000167545 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Faap20-210ENSMUST00000178473 1076 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm27680-201ENSMUST00000184192 160 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm37117-201ENSMUST00000194238 589 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 4930593C16Rik-202ENSMUST00000214011 714 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pecr-201ENSMUST00000027381 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Fgfr1op2-201ENSMUST00000037836 687 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Ucn-201ENSMUST00000043475 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Olfr975-201ENSMUST00000054067 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Cfd-201ENSMUST00000061653 922 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Paf1-201ENSMUST00000003529 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Nop53-201ENSMUST00000044158 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Clec16a-211ENSMUST00000155633 6213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Efcab8-203ENSMUST00000175856 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Plxna1-202ENSMUST00000163139 9034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpr-204ENSMUST00000131671 2543 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Egfem1-201ENSMUST00000118531 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Rcbtb1-202ENSMUST00000043227 3903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Sept1-202ENSMUST00000106314 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Rrp1b-201ENSMUST00000081339 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Twf2-204ENSMUST00000188650 1508 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pdgfrl-201ENSMUST00000034004 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Serinc1-201ENSMUST00000020027 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm44291-201ENSMUST00000203102 2865 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 9130008F23Rik-201ENSMUST00000068258 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Zfp57-201ENSMUST00000069250 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Fgfr3-201ENSMUST00000067150 4218 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm13306-202ENSMUST00000108018 542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 4930412M03Rik-201ENSMUST00000130746 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Hoxa7-203ENSMUST00000140316 643 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm15862-201ENSMUST00000146349 361 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 AC156016.3-201ENSMUST00000228623 344 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Oxt-201ENSMUST00000028764 537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Tmem242-201ENSMUST00000005053 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Kcnip2-203ENSMUST00000086993 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pgbd5-201ENSMUST00000052580 2824 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Tmem164-202ENSMUST00000101198 4443 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pnkd-201ENSMUST00000027370 2937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Camsap2-202ENSMUST00000192001 6329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Fbxo44-205ENSMUST00000151127 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Trf-201ENSMUST00000035158 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Rnf152-201ENSMUST00000058688 8492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Samd14-201ENSMUST00000055947 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm5320-201ENSMUST00000207163 1519 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pdlim3-201ENSMUST00000034053 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Etfdh-201ENSMUST00000029386 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pcnx3-201ENSMUST00000068169 5276 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Nfyb-204ENSMUST00000130911 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Mrpl58-209ENSMUST00000153983 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Tyw1-203ENSMUST00000100662 1867 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Fbrs-202ENSMUST00000205432 4166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Fstl5-201ENSMUST00000038364 5107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Synm-202ENSMUST00000074233 7818 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gnas-210ENSMUST00000109095 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Car4-201ENSMUST00000103194 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm15440-201ENSMUST00000110042 1231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Nup188-205ENSMUST00000138666 534 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Tmem109-207ENSMUST00000147699 1096 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm8584-201ENSMUST00000171982 758 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm9229-201ENSMUST00000222777 126 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 AC139350.3-201ENSMUST00000226151 420 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Eef2kmt-201ENSMUST00000064635 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Marveld3-202ENSMUST00000051430 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Rapsn-203ENSMUST00000111446 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Mthfsd-202ENSMUST00000116415 1520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pnck-201ENSMUST00000002087 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Tmem184c-201ENSMUST00000034030 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm8334-201ENSMUST00000112755 1662 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Cuedc2-201ENSMUST00000051234 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Ctu2-201ENSMUST00000116412 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm12503-201ENSMUST00000146576 3127 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Fbxo34-203ENSMUST00000163324 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Taf7l-201ENSMUST00000009740 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Dennd5b-201ENSMUST00000111557 9831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Prn-201ENSMUST00000124100 2132 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 C230004F18Rik-203ENSMUST00000137153 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Pex12-202ENSMUST00000108146 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Upf3bQ3ULL6 Gm11190-201ENSMUST00000132487 3414 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Mrpl55-204ENSMUST00000108786 757 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Uqcrq-203ENSMUST00000109021 405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Rpl9-202ENSMUST00000118543 1193 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 A930015D03Rik-201ENSMUST00000173900 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Upf3bQ3ULL6 Naxd-205ENSMUST00000178721 1108 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.5 ms