Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Gm13070-201ENSMUST00000146532 768 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm15429-201ENSMUST00000151268 798 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm15494-202ENSMUST00000171665 451 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Smyd3-207ENSMUST00000194237 1047 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm43433-201ENSMUST00000196573 481 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm5161-201ENSMUST00000075243 853 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm648-201ENSMUST00000081133 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Pacs1-201ENSMUST00000025786 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Vopp1-202ENSMUST00000127485 2908 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Fdx1-202ENSMUST00000214013 2759 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Snph-204ENSMUST00000109877 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm14379-201ENSMUST00000128858 1878 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Ccdc117-201ENSMUST00000020776 3372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Slc44a3-201ENSMUST00000039197 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Jakmip1-201ENSMUST00000043794 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Ppp1r2-201ENSMUST00000060188 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Mff-201ENSMUST00000073025 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Amdhd2-201ENSMUST00000040735 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Slc39a2-201ENSMUST00000047726 2334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm8131-201ENSMUST00000213783 1570 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Mark2-209ENSMUST00000165965 2874 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 A930033H14Rik-201ENSMUST00000170048 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Vav1-203ENSMUST00000112870 2743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Marveld2-203ENSMUST00000168772 1888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Tlr2-201ENSMUST00000029623 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm16342-201ENSMUST00000124025 1025 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Alms1-ps2-201ENSMUST00000160606 1170 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm17232-201ENSMUST00000164515 453 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm6244-201ENSMUST00000178732 841 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm27892-201ENSMUST00000185017 106 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 2810429I04Rik-210ENSMUST00000189464 868 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 AC110817.1-201ENSMUST00000225706 605 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm8973-201ENSMUST00000079818 315 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Scube2-203ENSMUST00000106729 3563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Hes2-201ENSMUST00000030782 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Afg3l2-201ENSMUST00000025408 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Hnrnpa1-201ENSMUST00000036004 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Rspry1-207ENSMUST00000212729 2800 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm12404-201ENSMUST00000122839 1661 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Spag8-202ENSMUST00000107870 1342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Plekhb1-201ENSMUST00000079176 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Uqcrq-201ENSMUST00000061326 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Scara3-201ENSMUST00000042046 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Susd2-201ENSMUST00000077610 2275 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Msx3-201ENSMUST00000055353 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 AL645783.1-201ENSMUST00000221416 1832 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm8337-201ENSMUST00000187358 1938 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Stx6-201ENSMUST00000027743 4589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Cacna1b-202ENSMUST00000070864 9655 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Trav13d-2-201ENSMUST00000103596 264 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Trav13n-2-201ENSMUST00000103622 264 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Sec11a-203ENSMUST00000119980 903 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Cdk7-205ENSMUST00000225990 1159 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Olfr222-201ENSMUST00000071943 1115 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Aip-202ENSMUST00000117831 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Car3-201ENSMUST00000029076 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Acox3-204ENSMUST00000114238 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Decr2-201ENSMUST00000040907 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Sh3bp5-201ENSMUST00000091903 2684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Sppl2b-201ENSMUST00000035597 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Unc5d-203ENSMUST00000210298 3060 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Trim34b-201ENSMUST00000106847 1827 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Clcf1-201ENSMUST00000046506 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Iqsec2-202ENSMUST00000112604 5967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 A930004D18Rik-201ENSMUST00000066163 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Rnf44-201ENSMUST00000037422 3734 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Snx18-201ENSMUST00000109241 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Lrrc7-201ENSMUST00000106044 5918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Pxdn-201ENSMUST00000118321 2698 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Ankib1-201ENSMUST00000043551 6426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Il2rb-202ENSMUST00000163494 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gda-201ENSMUST00000087600 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Pcgf2-201ENSMUST00000018681 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Fam53b-205ENSMUST00000106166 1270 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Rpl39-201ENSMUST00000115231 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Ptgr2-205ENSMUST00000135001 1286 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Txn1-201ENSMUST00000030051 1051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Kcnk9-201ENSMUST00000044624 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Fkbp2-201ENSMUST00000070878 642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Ap2s1-201ENSMUST00000086112 836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Micall2-201ENSMUST00000044642 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Plekhn1-201ENSMUST00000105569 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Traf2-201ENSMUST00000028311 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Dkk1-201ENSMUST00000025803 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Tmem55a-201ENSMUST00000029875 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Il15-201ENSMUST00000034148 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Hspb8-201ENSMUST00000036991 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Rftn1-201ENSMUST00000044503 4029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Slc35g3-201ENSMUST00000102586 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Mapk8ip3-208ENSMUST00000121787 5431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Apol7a-201ENSMUST00000010745 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Gm10371-201ENSMUST00000127429 1411 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Troap-201ENSMUST00000039665 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Ociad1-202ENSMUST00000071081 1311 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim28Q62318 Rai2-202ENSMUST00000112338 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.7 ms