Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms