Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Dcun1d5-202ENSMUST00000215683 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sdc1P18828 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Sdc1P18828 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Gm20431-201ENSMUST00000125544 2367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.3 ms