Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms