Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.1 ms