Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim58Q5NCC9 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim58Q5NCC9 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim58Q5NCC9 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim58Q5NCC9 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim58Q5NCC9 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim58Q5NCC9 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim58Q5NCC9 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim58Q5NCC9 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Trim58Q5NCC9 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Arrdc2-201ENSMUST00000002989 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim58Q5NCC9 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim58Q5NCC9 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.8 ms