Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Mdh2-201ENSMUST00000019323 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Nefh-201ENSMUST00000093369 3994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tbl1x-201ENSMUST00000088217 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Dock1-206ENSMUST00000211593 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Abhd3-203ENSMUST00000117828 1962 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 1700022A21Rik-202ENSMUST00000182910 1448 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 B4galt2-203ENSMUST00000106421 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Col13a1-205ENSMUST00000105454 3162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tmem253-201ENSMUST00000100638 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm11508-201ENSMUST00000129337 440 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tmprss5-204ENSMUST00000167095 1146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Ccer2-201ENSMUST00000178767 1054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 AC121788.1-202ENSMUST00000218801 871 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Pold4-201ENSMUST00000025773 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Chchd10-201ENSMUST00000058906 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 1600017P15Rik-201ENSMUST00000083427 412 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Ptgs1-201ENSMUST00000062069 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Fyn-202ENSMUST00000099967 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Papolb-201ENSMUST00000099400 4239 ntAPPRIS P1 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Sipa1l1-202ENSMUST00000166429 8215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 AC163637.1-201ENSMUST00000215491 1894 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Ccdc13-202ENSMUST00000135986 2640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Sdk1-202ENSMUST00000085774 10352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Men1-201ENSMUST00000056391 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Impdh1-205ENSMUST00000160878 2314 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Sacs-204ENSMUST00000121091 4581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Trim41-201ENSMUST00000047145 3432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Eva1c-203ENSMUST00000099548 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tox3-201ENSMUST00000109621 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Pspc1-202ENSMUST00000163924 2863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Nudt1-204ENSMUST00000110826 606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm6226-201ENSMUST00000117765 1146 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Pcp2-203ENSMUST00000133459 470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Bnipl-204ENSMUST00000137250 1251 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Rhox2a-202ENSMUST00000173650 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm26769-201ENSMUST00000180469 619 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Rhox2c-204ENSMUST00000184688 720 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Elof1-203ENSMUST00000213233 810 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Pcp2-201ENSMUST00000004749 495 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm8396-201ENSMUST00000057361 823 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 C1qtnf2-201ENSMUST00000057679 1211 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Ubr3-201ENSMUST00000055758 8072 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Rab10-201ENSMUST00000021001 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Vcan-201ENSMUST00000109543 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Sept8-202ENSMUST00000117061 4563 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Cables1-202ENSMUST00000171109 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Hnrnpm-205ENSMUST00000139302 2428 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Pdia3-201ENSMUST00000028683 2770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Stk11-202ENSMUST00000105370 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Stx6-201ENSMUST00000027743 4589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm13425-201ENSMUST00000145389 5391 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 1500011B03Rik-202ENSMUST00000112160 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 AC025913.2-201ENSMUST00000220136 1766 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tmem260-201ENSMUST00000111735 5485 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Espnl-202ENSMUST00000176156 2886 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Sfmbt1-201ENSMUST00000054230 7837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Pdzd11-201ENSMUST00000015812 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Crk-201ENSMUST00000017920 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Sptbn4-203ENSMUST00000108363 4724 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Sptbn4-204ENSMUST00000108364 4740 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Hddc3-206ENSMUST00000206074 565 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 1700086L19Rik-201ENSMUST00000095617 706 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Nsmce3-201ENSMUST00000094331 5946 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Fgf2-208ENSMUST00000200585 5973 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Zbtb4-201ENSMUST00000108638 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Fam133b-201ENSMUST00000115527 1491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Rab32-201ENSMUST00000019974 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Kctd20-202ENSMUST00000117672 2219 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Scube3-201ENSMUST00000043503 6699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tigd5-201ENSMUST00000192937 4801 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tmem184b-201ENSMUST00000074991 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Fam69c-201ENSMUST00000052501 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Ppt1-201ENSMUST00000030412 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Phf21b-203ENSMUST00000159939 3639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Cep19-202ENSMUST00000115168 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Arid4b-204ENSMUST00000110536 5783 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Ccdc181-201ENSMUST00000027867 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Cfap97-202ENSMUST00000110376 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Tex19.2-201ENSMUST00000039146 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Casc3-201ENSMUST00000017384 3963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Lats1-202ENSMUST00000165952 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gclc-201ENSMUST00000034905 3423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Cep250-203ENSMUST00000109618 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Znhit1-204ENSMUST00000111091 1070 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Hoxa13-202ENSMUST00000114416 769 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm15920-201ENSMUST00000118998 402 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm15706-201ENSMUST00000139612 899 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Gm10244-202ENSMUST00000156905 474 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Znrf1-213ENSMUST00000174333 515 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Lce1f-201ENSMUST00000047153 728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Zmynd11-207ENSMUST00000110638 4003 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Dok2-201ENSMUST00000022698 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Traf1P39428 Galt-202ENSMUST00000108038 1859 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.5 ms