Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
Col17a1Q07563 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
Col17a1Q07563 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC36.69■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC36.69■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC36.69■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC36.66■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.66■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC36.65■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Tmem191c-213ENSMUST00000164950 1394 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.65■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC36.64■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
Col17a1Q07563 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC36.63■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC36.57■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.45
Col17a1Q07563 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC36.56■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC36.55■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC36.52■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC36.51■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
Col17a1Q07563 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC36.49■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.49■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC36.48■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC36.48■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Gng2-202ENSMUST00000159028 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC36.47■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC36.45■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
Col17a1Q07563 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC36.43■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC36.43■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.43■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.41■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
Col17a1Q07563 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC36.38■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC36.37■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC36.33■■■■□ 3.41
Col17a1Q07563 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.9 ms